Vị trí chính xác trong biên niên sử của Khendjer ở trong vương triều thứ 13 lại không được biết chắc chắn do sự không chắc chắn ảnh hưởng đến các vị vua thuộc vương triều này. Nhà Ai Cập học Darrell Baker xếp ông là vị vua thứ 21 của vương triều này, Ryholt lại coi ông là vị vua thứ 22 và Jürgen von Beckerath đặt ông là vị pharaon thứ 17 của vương triều. Hơn nữa, danh tính vị tiên vương của ông vẫn đang được tranh luận: Baker và Ryholt tin rằng người đó là Wegaf, nhưng vị pharaon này lại bị nhầm lẫn với Khaankhre Sobekhotep, vì thế người ta vẫn chưa rõ ai trong số hai người này đã sáng lập nên vương triều thứ 13 và ai mới là vị tiên vương của Khendjer.[1][2]

Niên đại chứng thực cao nhất dành cho triều đại của Khendjer là tháng thứ tư của mùa lũ lụt), ngày 15 trong năm trị vì thứ năm của ông. Kim Ryholt lưu ý rằng hai ghi chú kiểm tra có đề ngày tháng trên các khối đá đến từ khu phức hợp kim tự tháp chưa hoàn thành của ông ghi lại cho ông một triều đại tối thiểu là 3 hoặc 4 năm 3 tháng và 5 ngày.[10] Các ghi chú kiểm tra được nhắc đến ở trên ghi lại những niên đại thuộc về triều đại của ông là Năm 1 I Akhet ngày 10 và Năm 5 IV Akhet ngày 15.[11] Trong các ghi chú kiểm tra đó, tên của ba vị quan tham gia vào quá trình xây dựng kim tự tháp cũng được xác định. Họ là Quan thị thần của cung điện, Senebtyfy, Quan thị thần Ameny và quan thị thần, Shebenu.[12] Vị quan sau cùng còn được chứng thực trong các nguồn khác.